植物体长期沉没在水下，仅在开花时花柄、花朵才露出水面。如金鱼藻、车轮藻、狸藻和眼子菜等，表皮细胞没有角质或蜡质层，能直接吸收水分和溶于水中的氧和其他营养物质，根部退化或完全消失。叶片上的叶绿体大而多，排列在细胞外围，能充分吸收透入水中的微弱光线。叶片上没有气孔，有完整的通气组织，能适应水下氧气相对不足的环境。无性繁殖占优势，授粉在水面进行。虽然海洋中的大叶藻(Zostera)藻及海藻类均包括在内，但一般则是指淡水植物。如黑藻属(Hydrilla)、苦草属(Vallisneria)、狐尾藻属(Myriophyllum)、金鱼藻属(Ceratophyllum)、小叶眼子菜(Potamogetoncrispus)，轮藻(Ch-aracoronata)等叶和茎的机械组织、角质层、导管等均发育不良，质柔软，叶多半可进一步区分为细长形或线形。营养盐类，O2及CO2主要是通过藻体表面摄取。 假根的发育也不良，多少具有吸收能力，但主要是作为固定器官来使用。另外，也有无假根的藻类(如金鱼藻)。沉水植物是以根茎〔苦草属、眼子菜属(Potamogeton)〕、芽(黑藻属、小叶眼子菜属)、种子(刺藻)等进行越冬。
沉水型水生植物根茎生于泥中，整个植株沉入水中，具发达的通气组织，利于进行气体交换。叶多为狭长或丝状，能吸收水中部分养分，在水下弱光的条件下也能正常生长发育。对水质有一定的要求，因为水质浑浊会影响其光合作用。花小，花期短，以观叶为主。
